Membres

Analyste de données, spectromètre de masse

Abdullah Khraibah a obtenu son diplôme de premier cycle en biochimie et sa maîtrise en chimie à l'Université d'Ottawa. Au cours de son programme de maîtrise, Abdullah a mené ses recherches sous la supervision du Dr Maxim Bereozovski. Son projet de maîtrise portait sur la protéomique comparative entre les exosomes dérivés des lignées cellulaires MCF-10A et MDA-MB-231, dans le but d'identifier des biomarqueurs potentiels. En outre, Abdullah a participé à une recherche collaborative portant sur la métabolomique comparative entre les exosomes dérivés des lignées cellulaires MDA-MB-231 et MCF-10A. Grâce à ces divers projets, Abdullah a acquis des connaissances approfondies sur les flux de travail en protéomique et en métabolomique.

Au sein de l'installation de spectrométrie de masse John L. Holmes, Abdullah assume de multiples responsabilités, en particulier dans le domaine des analyses bioinformatiques, où il apporte plus de cinq ans d'expérience dans l'analyse des données. En tant que spectrométriste de masse, Abdullah fait preuve d'une bonne maîtrise de divers instruments, notamment le GC-MS (Agilent), l'UPLC-MS/MS (Waters) et le MALDI (Bruker). En tant que principal analyste de données de l'installation, Abdullah joue un rôle crucial dans l'organisation d'ateliers sur la protéomique et la métabolomique, contribuant ainsi au transfert de connaissances et au développement de compétences dans ces domaines spécialisés.

En plus de soutenir les étudiants de l'Université d'Ottawa dans leur progression académique, Abdullah vise à établir un cadre d'analyse métabolomique robuste et complet pour les plantes en utilisant une combinaison de technologies GC-MS et LC-MS. Ses objectifs professionnels comprennent également le développement et l'optimisation des méthodes de traitement des échantillons et des pipelines analytiques. En outre, Abdullah fournit des services de conseil sur la conception et l'analyse de projets à des clients de divers secteurs, y compris les universités, les institutions publiques et l'industrie privée. Pour en savoir plus sur les contributions et l'expertise d'Abdullah en matière de recherche, veuillez consulter ses publications.

Technicien

Yingxi (Cici) Li fait partie de l'installation de spectrométrie de masse John L. Holmes en tant que technicienne depuis 2023. Elle a obtenu une licence en biochimie à la Northeastern University, Boston, MA, et une maîtrise en chimie à l'Université d'Ottawa. Elle a mené des recherches sous la supervision du Dr Maxim Berezovski pendant ses études de maîtrise, en se concentrant sur l'analyse protéomique de tissus de foie de grenouille de bois dans différentes conditions à l'aide de la spectrométrie de masse, ainsi que sur l'étude des biomarqueurs du cancer du sein dans les vésicules extracellulaires.

Après avoir terminé ses études de premier cycle, elle a rejoint Tarveda Therapeutics, où elle a contribué à des projets industriels liés à un médicament en phase 2 d'essais cliniques. Elle était responsable du contrôle de la qualité et des tests de stabilité à court et à long terme des nouvelles formulations de médicaments dans un environnement GMP. Après avoir déménagé au Canada, elle a travaillé sur de nombreux projets appliquant des techniques analytiques basées sur la spectrométrie de masse pour répondre à diverses questions biologiques dans le domaine de la découverte de biomarqueurs, de la biologie du cancer, des sciences alimentaires, de la microbiologie et de la toxicologie du mercure.

Les tâches de Cici au sein de la FMSLJ comprennent le traitement des échantillons, l'analyse bioinformatique, le développement et l'optimisation des méthodes de traitement des échantillons et des pipelines, la conception de projets de conseil et la formation en matière de protéomique et de métabolomique. Elle a de l'expérience dans le traitement de différents types d'échantillons biologiques, tels que les tissus, le plasma, le liquide céphalorachidien, les vésicules extracellulaires, la salive et les lignées cellulaires. Elle fait également partie du comité d'organisation de plusieurs ateliers de protéomique et de métabolomique organisés par le JLHMS.

par des méthodes de traitement avancées, ce qui nous a permis de traiter des échantillons biologiques complexes, d'obtenir une grande pureté des peptides et d'augmenter la détection des protéomes. La plupart des analyses de données pour la FMSJLH sont effectuées pour permettre des analyses statistiques puissantes, des analyses fonctionnelles biomoléculaires et des analyses de voies, ainsi que la visualisation des données.

Grâce à son expertise dans le traitement des échantillons et l'analyse des données, Cici joue un rôle essentiel dans l'avancement des capacités de recherche de l'installation et dans le soutien d'un large éventail de projets en protéomique et en métabolomique.

Technician

Atalay Bora Basar est le plus récent membre de la Plateforme de spectrométrie de masse John L. Holmes. Bora a effectué l'ensemble de son parcours universitaire à l'Université d'Ottawa, où il a obtenu un baccalauréat en sciences de la santé ainsi qu'une maîtrise en chimie. Motivé par son intérêt pour la chimie, il a commencé à travailler dès son premier cycle sous la direction de son superviseur de maîtrise, le Dr Joseph Moran, à Strasbourg, en France. Ces travaux ont mené à une publication dans la revue Angewandte Chemie Int. Ed., dont il est le deuxième auteur. Au cours de ses études de maîtrise, Bora s'est consacré à la recherche sur les origines de la vie, travaillant sur la création de coenzymes par le biais de leurs voies de biosynthèse sans intervention enzymatique, en exploitant la chimie unique des microgouttelettes aqueuses.

Au sein de la Plateforme John L. Holmes, les responsabilités de Bora incluent l'exploitation et la maintenance de nos spectromètres de masse Q-Exactive Plus et Fusion Tribrid Orbitrap (Thermo), la préparation d'échantillons pour des projets de métabolomique, ainsi que le conseil en conception de projets. L'expertise de Bora en chimie permet d'élargir la portée technique des projets et des méthodologies au sein de notre établissement.

En parallèle de ses fonctions actuelles, Bora ambitionne de développer un flux de travail pour l'analyse métabolomique automatisée sur les spectromètres de masse Orbitrap appliqués à la chimie prébiotique. Ce projet vise à établir des pratiques exemplaires en matière de préparation d'échantillons, de paramétrage de la spectrométrie de masse (MS) et d'analyse spectrale, afin d'identifier les réseaux de réaction en aval et les tendances basées sur les modifications des métabolites clés.