La partie biologique de spectrométrie de masse John L. Holmes de l'Université d'Ottawa soutient la recherche de haute qualité et d’améliore l'expérience éducative des étudiants.

Biological Mass Spectrometry 2024

Membres

Dr. Zoran Minic

Dr. Zoran MINIC

Dr. Zoran MINIC, manager de la plateforme du spectromètre de masse biologique 

Zoran Minic a obtenu sa maîtrise en biologie intégrative des systèmes et en pharmacologie en 1995 et son doctorat en biologie et écologie végétales (1998) en France à l'Université de Paris XI. En 2004, il a obtenu l'habilitation à diriger des recherches (HDR) à l'Université de Paris VII. Au cours de sa carrière de chercheur, il a travaillé sur divers projets liés à la biochimie, à la chimie analytique et à la biologie des systèmes (protéomique, transcriptomique et métabolomique) en utilisant des organismes modèles tels que les humains, les animaux, les plantes, les champignons et les micro-organismes.  

Après avoir obtenu son diplôme, il a été employé à l'INRA (Institut National de la Recherche Agronomique). Il a participé à des projets industriels visant à développer des bactéries fermentant le lactose. Au même institut, il a travaillé pendant quatre ans sur des projets relatifs à la remodulation des polysaccharides végétaux afin d'obtenir un produit digestible satisfaisant, important pour l'alimentation animale et les bioproduits. Les projets décrits précédemment reposaient sur des collaborations avec des partenaires industriels.  

Après s'être installé au Canada, il va d'abord travailler comme associé de recherche professionnel à l'Université de Saskatchewan. Son projet portait sur le développement d'une nouvelle génération d'agents antifongiques et antimicrobiens pour la protection des cultures. À l'université de Regina, il a travaillé en tant que manager responsable de l'exploitation et de la maintenance des plateformes protéomiques à haut débit. Ses principales responsabilités comprenaient la préparation et le traitement d'échantillons et le développement de méthodes pour des projets protéomiques à grande échelle à l'aide du spectromètre de masse Orbitrap Elite de pointe couplé à EASY nLC 1000. Depuis 2017, il travaille en tant que manager de la plateforme du spectromètre de masse biologique à John L. Holmes de l'Université d'Ottawa. Ses principales responsabilités comprennent la préparation et le traitement d'échantillons biologiques et le développement de méthodes d'analyse protéomique et métabolomique à grande échelle à l'aide de spectromètres de masse de pointe : Orbitrap Fusion, Q-Exactive et Waters SYNAPT G2HDMS. Ses fonctions comprennent également la consultation scientifique, la conception de protocoles de préparation des échantillons et l'aide au développement et à la mise en œuvre de méthodes expérimentales basées sur la spectrométrie de masse. Il a dirigé et supervisé des cours de formation technique et des ateliers sur la spectrométrie de masse pour des chercheurs, des étudiants diplômés et non diplômés. Au cours des quatre dernières années, il a organisé des ateliers et enseigné le cours de troisième cycle CHM 8352. 

Au cours de sa carrière de chercheur et de gestionnaire, Zoran a acquis une solide expérience en protéomique, métabolomique, chromatographie liquide, spectrométrie de masse et techniques de purification, de caractérisation, de quantification et d'identification des biomolécules. Son travail dans les plateformes scientifiques de l'Université de Saskatchewan, de Regina et d'Ottawa comprenait l'entretien, l'étalonnage et le dépannage d'instruments analytiques sophistiqués tels que différents types de chromatographie liquide (« HPLC, UPLC ou nLC et FPLC ») et des spectromètres de masse à haute résolution (HRSM). 

Il a contribué à l'obtention de financement scientifiques et participe activement sur ses partenariats de recherche en collaborant avec des industries et le monde universitaire. Sa plateforme du spectromètre de masse fournit des services à différents utilisateurs au Canada, aux États-Unis, en Allemagne, en Espagne, en Italie, au Japon, au Mexique, au Brésil, en Chine, en Serbie et en Russie. Il est l'auteur/co-auteur de plus de 70 articles de journaux académiques, chapitres de livres et brevets. 

Nico Huttmann

Nico Hüttmann

Nico Hüttmann, analyste de données 

Nico Hüttmann fait partie de plateforme du spectromètre de masse de JLHMS en tant qu'analyste de données depuis 2022. Il a obtenu son diplôme en génie biomoléculaire à l'Université technique de Darmstadt, en Allemagne, et sa maîtrise en chimie à l'Université d'Ottawa. Il a effectué ses recherches sous la direction du Dr. Maxim Berezovski en étudiant le protéome de surface des vésicules extracellulaires de lignées cellulaires de cancer du sein par spectrométrie de masse.  

Pendant son séjour au Canada, il a travaillé sur plusieurs projets de collaboration en appliquant la protéomique par spectrométrie de masse pour répondre à diverses questions biologiques dans les domaines des aptamères, de la découverte de biomarqueurs, de la biologie du cancer, de la science alimentaire, de l'immunologie et du métabolisme du fer. Il a participé à l'atelier de protéomique et a fait partie du comité d'organisation de l'atelier de métabolomique 2022 de la plateforme de JLHMS.  Outre la protéomique, Nico a une expérience de la spectrométrie de masse par la chromatographie d’affinité pour déterminer et caractériser les épitopes de liaison protéine-anticorps et -aptamère. 

Les tâches de Nico au sein de la « JLHMSF » comprennent le traitement des données, le développement de nouvelles méthodes d'analyse et de pipelines, la consultation sur la conception et l'analyse de projets, ainsi que la fourniture et l'enseignement de l'analyse des données protéomiques et métabolomiques. La plupart des analyses de données pour la JLHMSF sont effectuées dans l'environnement de programmation statistique R avec le paquet R interne pOmics (https://github.com/nicohuttmann/pOmics). Il contient des fonctions sélectionnées pour l'analyse et la visualisation statistiques, bioinformatiques et basées sur l'apprentissage automatique des données protéomiques qualitatives, quantitatives et MPT des protéines. L'utilisation de R comme langage de programmation permet aux clients de l'installation de comprendre, de reproduire et de partager leur code d'analyse avec des collaborateurs et des revues. En dehors du travail, Nico est un joueur de tennis et de handball passionné. 

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Analyse biologique

Zoran Minic
zminic@uottawa.ca
Marion Hall - Salle 02
Ottawa, ON K1N 1A2
Tél: 613-562-5800 ext. 1626