Services

La partie biologique de spectrométrie de masse John L. Holmes de l'Université d'Ottawa soutient la recherche de haute qualité et d’améliore l'expérience éducative des étudiants.

Protéomique

  • Identification de protéines dans des mélanges complexes (découverte de biomarqueurs) 
  • Analyse des modifications post-traductionnelles (phosphorylation, N-acétylation, glycosylation, etc.) 
  • Protéomique quantitative 
    • SM basée sur la méthode de marquage par isotopes stables 
    • Sans marquage (intégration/intensité des pics SM1, comptage des spectres SM2) 
  • Identification des protéines en interaction (analyse des complexes protéiques, interactions protéine-protéine) 
  • Interactions ADN-, ARN- protéines 
  • Protéomique ciblée (PRMs) 
  • Capacités de fragmentation en plusieurs étapes : HCD, CID et ETD  
  • Protéomique basée sur le niveau SM3 [étiquette de masse en tandem (TMT), étiquettes isobariques pour la quantification relative et absolue (iTRAQ), phosphoprotéomique, peptides réticulés. 

Métabolomie

  • Détermination de la masse 
  • Abondance naturelle des isotopes 
  • Caractérisation/élucidation structurelle (balayage complet et schéma de fragmentation) 
  • Quantification 
  • Métabolomique ciblée et non ciblée 
  • Interaction protéine-ligand 

Bioinformatique

  • Analyse des protéines et des peptides par protéomique ascendante  
    1. Identification et quantification relative sans marquage des protéines et des peptides (MaxQuant et Proteome Discoverer) 
    2. Identification de diverses modifications post-traductionnelles et chimiques des protéines (phosphoprotéines, acétylation, biotinylation et autres). 
  • Analyse statistique des données protéomiques 
    1. Tests d'hypothèses à un groupe (analyse de corrélation), à deux groupes (test t), et à plusieurs groupes (ANOVA) 
    2. Réduction de dimension supervisée et non supervisée (PCA, PLS-DA)
    3. Regroupement hiérarchique 
  • Analyse bioinformatique de la fonction des protéines, des réseaux et des voies à partir de diverses bases de données publiques.  
    1. Annotation fonctionnelle et analyse d'enrichissement 
    2. Analyse des voies  
    3. Visualisation des réseaux (PPIs, WGCNA) 

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Analyse biologique

Zoran Minic
zminic@uottawa.ca
Marion Hall - Salle 02
Ottawa, ON K1N 1A2
Tél: 613-562-5800 ext. 1626